決済代行のサービスを提供している会社の個性や特徴、そして差別化要素は分かりにくいものですが、決済代行を選ぶときのポイントは大きく分けて、価格およびコスト、担当者が優秀、サポート体制およびサポート力の3つがあります。ちなみに、業界を知らない人が決済システムを差別化ポイントにしていると、大半の業者はトークン型・モジュール型・リンク型といった全てのシステムに対応している関係上、差別化要素はありませんので業者を選ぶときのポイントに使うことはできません。代行業者に支払う費用は導入コスト、月額の固定費およびデータ処理料金、そして決済手数料の3つに分類されます。導入コストは、利用者にとって値引きが実現できるものです。

業者側は月々の支払いが収入源になっているので、見積もりを提示されたときには、この導入コストは高額になりがちで、ここから大幅な値引きにより導入を促すといった営業テクニックを使う会社も少なくありません。クレジットカード手数料は、決済代行会社にとっての大きな収益になる部分です。大手の決済代行会社になると、カード会社に対してより多くの顧客を紹介できるため、カード会社側も大手の代行会社に対して低価格の手数料を用意します。大手の代行会社はここに利鞘（マージン）を上乗せして利用者に提供するため、大手の代行会社はこの利鞘で稼ぐことができるわけです。

サポート力についてですが、これは決済代行を導入した後に威力を発揮する部分でもあり、実力を持つ業者はサポート体制に力を入れています。